●ハウスメーカーに依頼する場合
・ハウスメーカーによってある程度のプランがあり、それによっては費用を抑えることができる
・あらかじめ作成されているマニュアルに従って施工されるため、建物のチェック項目が決められている
・大手ハウスメーカーの場合は賃貸経営に関するノウハウを持っているため、アドバイスを受けることができる場合がある
・モデルルームがあるハウスメーカーの場合は物件の下見をすることができるので、参考になる

などが挙げられます。
一方で、

●工務店に依頼する場合
・ハウスメーカーに比べると全体的に格安で建ててもらうことができる
・プランを決めていないところが多いため、こちらの希望や融通を極力考慮してもらえる
・初回から同じ担当者がついてくれるところが多く、伝達ミスなどの心配が少ない

などが挙げられます。

どちらにも魅力がありますので、さまざまなハウスメーカーや工務店に足を運び、実際にしっかりと話をうかがってから決断されることをおすすめします。
こちらを参考にしています→賃貸経営のすすめ！不動産・土地活用のお役立ちガイド